قدمت بیمارستان فارابی به سال 1300 برمی­ گردد. باغ حاج معدل شیرازی خریداری و به آسایشگاه شهرداری اختصاص یافت. آسایشگاه بعداً به کارخانه تبدیل گردید. سپس بیماران مؤسسات خیریه مانند دارالایتام و دارالمساکین را در این محل جا دادند و بنام مریضخانه فقرا موسوم شد. بعد از مدتی بیماران به بیمارستان بلدیه منتقل و محل مذکور به کارخانه برق بخش 10 اختصاص یافت. این وضع چند سال ادامه داشت تا اینکه در دارالمساکین تیفوس شیوع یافت. ناگزیر چند تخت در محوطه قرار داده و بیماران تیفوسی را در آن بستری کردند و نام مریضخانه نمره 2 را برآن نهادند. بعد از پایان همه گیری تیفوس، بخش ­های طبی و جراحی در مریضخانه دایر گشته و درمانگاه های مختلف پزشکی، جراحی و دندانپزشکی، بخش و درمانگاه بیماری­ های گوش و حلق و بینی و داروخانه در آن تشکیل شد.

در سال 1313 بخش چشم پزشکی بیمارستان فارابی،  شامل ۲ درمانگاه، ۱ اتاق عمل و ۲۵ تخت، به وسیله پروفسور محمدقلی شمس راه اندازی و اولین عمل پیوند قرنیه ایران در همان سال توسط وی در این بیمارستان انجام شد. با راه اندازی این مرکز، انجام عمل جراحی چشم برای آموزش دانشجویان توسط پروفسور شمس و همکاران ایشان از جمله پروفسور محمدهادی قوام صدوقی، دکتر مسعود ضرابی و دکتر حسن علوی، انجام می­ شد. در سال­ های خدمت پروفسور شمس، بیمارستان فارابی از لحاظ چشم پزشکی در سطح بالایی قرار داشت و استادان و چشم پزشکان برجسته بین المللی بارها از آن بازدید کردند.

احداث ساختمان کرسی چشم پزشکی به مساحت 13102 متر مربع، در آغاز سال 1321 شروع و در سال 1324 پایان یافت و در روز دوم آذرماه سال 1325 افتتاح و مورد استفاده قرار گرفت. ساختمان شامل بخش های پزشکی، گوش و حلق و بینی، آزمایشگاه و داروخانه با گنجایش 120 تخت بستری بود که بعدها تا 220 تخت گسترش داده شد. در تشکیلات کرسی چشم پزشکی، رشته تخصصی چشم پزشکی که مدت دوره آن سه سال بود دایر شد. کسانی که دانشکده پزشکی را به پایان می رساندند با طی این دوره آموزشی علمی و عملی تخصصی و گذراندن امتحانات لازم و نوشتن رساله مربوطه در رشته چشم پزشکی متخصص می شدند.

در سال 1359 لایحه واگذاری تمامی زمین­ های اطراف بیمارستان (حدود صدهزار متر مربع) به دانشکده پزشکی دانشگاه تهران ابلاغ و عملیات ساختمانی بیمارستان جدید فارابی شروع شد. این ساختمان با مساحت 23 هزار متر مربع زیربنا در سال 1366 افتتاح و به تشکیلات قدیم افزوده شد.

پس از پیروزی انقلاب اسلامی با توجه خاص به توسعه و تجهیز بیمارستان و با تلاش مسولان ذیربط، این بیمارستان به صورت بزرگترین مرکز چشم پزشکی در خاورمیانه درآمده و بسیاری از اعمال جراحی چشم که قبلاً در ایران قابل انجام نبود و بالاجبار بایستی بیماران را برای مداوا به خارج از کشور اعزام می­ کردند، با همت پزشکان مجرب و پرسنل سخت کوش بیمارستان در این مرکز انجام می­ گیرد. به طوری که دیگر نیازی به اعزام بیماران به خارج از کشور برای معالجه چشم وجود ندارد.